La compagnie tchèque, en pleine restructuration aurait rompu son partenariat avec Air France sur ses dessertes entre la France et la Tchéquie. A partir du 27 mars, il n’y aura plus d’accord de code share entre Czech Airlines et Air France sur les lignes Paris – Prague. Les deux compagnies ne proposeront donc plus des places sur leurs vols respectifs. Elles réalisent chacune trois rotations quotidiennes entre les deux capitales. La compagnie tchèque lâche ainsi son partenaire de l’alliance Skyteam. Il n’y aura donc probablement pas d’accord sur la ligne Bordeaux – Prague que Czech Arlines ouvrira deux fois par semaine à partir du 29 mai prochain. En novembre 2010, le gouvernement tchèque annonçait un plan de restructuration de sa compagnie aérienne. Il prévoit notamment la fusion de la compagnie aérienne et de l’aéroport de Prague, la réduction de sa flotte et de son réseau d’un tiers. Czech Airlines opère actuellement une flotte composée de huit Airbus A319, huit A320, deux A321, huit Boeing B737 et douze ATR. Au début de la saison hivernale, elle a arrêté plusieurs de ses liaisons européennes (Prague – Londres, Prague – Manchester et Prague – Cologne – Bonn) sur lesquelles elle était fortement concurrencée par les compagnies low cost Easyjet, Wizz Air, bmibaby, Jet2 et Germanwings.